その研究段階で作り出され、エマ、沙友、透花と名づけられた三人の少女達は、追加された24対目の遺伝子ゆえに『エクストラ』と呼ばれていた。表面的には穏やかに見えた彼と彼女達の日常は、研究所に侵入してきた正体不明の軍事ロボットとの戦いを境に変化する。
さまざまな事件を乗り越え、徐々に明らかになっていく計画の全容とそれぞれの真の目的、エクストラに関わる人間たちの悲しい過去。エクストラの兵器としての性能を知り、暗躍を始める軍部。独自の正義に基づいて動く、公安のナンバーレスエージェント『荒山鳥人』。津名川にライバル意識を燃やすもう一人のエクストラ開発者『高宮エレン』。
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